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四万十川は水質も良く日本有数の清流で、古くから漁が盛んに行われてきました。天然うなぎ、あゆ、ごり（チチブ、ヌマチチブ）、ツガネ（モクズガニ）、手長エビなどの魚介類のほか、青海苔の産地として知られています。また、四万十川は川漁で生計を立てている人が多いことでも日本有数の河川といえます。
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あゆ
鮎独特の芳香と美味は水質と石苔で決まります。
日本最後の清流・四万十川の鮎は全国一の漁獲量を誇り、身のしまった美しい姿、清らかな芳香を放つ黄金の香魚として全国市場でも人気です。
青のり
総延長196kmの四万十川には、海水と淡水が交差する「汽水域」が約9kmもあります。
清流の汽水域でしか採れない貴重な天然青のりは、四万十川産が国内の90％以上の生産量を誇り、しかも高品質。12月～3月の厳寒期にしか育たず、それだけに生命力豊かです。
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川えび
木や竹の小枝を川にしずめて川エビをとるその古風な漁は「柴漬け漁」といわれて今も四万十の川漁師に受け継がれています。
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うなぎ
岸近くに1.5mほどのすり鉢状の穴を掘り、その中に20cmくらいの石を隙間を作りながら、2、3段積み上げます。更にその上に5～10cmくらいの小 石をピラミッド状に積みます。こうしてできた石の山を『石黒』と呼び、満潮時に石黒を解体し、囲い網に獲物を追い込むます。
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アカメ
アカメは現在では四万十川の代表種となっていますが、和歌山県から九州に分布していた日本の固有種です。1984年に新種として学名がつけられたスズキ目アカメ科の汽水魚で、目の瞳孔がルビー色に輝くのでこの名があります。また鱗が非常に固くて剥がれにくいことから｢ミノウオ｣の異名があります。体長は大 きくなると1.5ｍを越え２ｍのものも記録されています。成魚は四万十市（旧中村市）の伊沢や山路の下流に生息しボラなどを捕食しています。
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四万十川の魚
四万十川には150種を超える魚が生息しています。
これは吉野川と並んで全国で最も多い魚種数です。
四万十川のような大きな川では河川相は上流・中流・下流・汽水の４つに区分されます。上流域は落ち込みと滝壷や淵が連続した冷水域で魚の代表種はアマゴで す。中流域は河川の屈曲部から次の屈曲部までに早瀬・淵・平瀬が１単位となって組み込まれており、代表種はオイカワとアユです。下流域は100ｍを超える 長い淵と淵の間に平瀬が介在しており、代表種はコイに変わります。汽水域は海水の影響を受ける区間で、四万十川では河口から四万十市（旧中村市）の赤鉄橋までの１０kmが相当し、底質は砂利か砂泥となります。四万十川の場合はアカメ(ミノウオ)が有名です。
淡水域の全域に棲む魚種としてサツキマス・カワムツ・ウグイ・アカザ・ウナギ・ドンコなどがあげられます。その他オイカワやブラックバスなどの移入魚もみられます。
純淡水魚のタモロコ・ヤリタナゴ・イシドジョウ近似種、汽水域のアカメとクロホシマンジュウダイは他の河川ではほとんど見られない魚です。
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